Rottumeroog en Rottumerplaat vallen onder de Natuurbeschermingswet. Het beheer is in handen van een drietal instanties: Staatsbosbeheer, Rijkswaterstaat en het Ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij (LNV).
Tot begin jaren '90 werd zoveel mogelijk geprobeerd de eilanden te stabiliseren. Dit werd gedaan door het plaatsen van rijshoutschermen, het aanplanten van helm en het aanleggen van puindammen.
In 1991 werd vanuit de ministeries van Verkeer en Waterstaat en LNV besloten alle onderhoudswerkzaamheden aan de eilanden te staken. Dit was in overeenstemming met het nationale beleid om te streven naar een zo natuurlijk mogelijke ontwikkeling in het oostelijke deel van de Nederlandse Waddenzee.
Voor de vogels op de eilanden een gunstige ontwikkeling: als gevolg van het nieuwe beleid zou de dynamiek van het gebied toe kunnen nemen. Van bedreigde soorten die gebonden zijn aan dynamische kustmilieus, zoals plevieren en sterns, zou het aantal potentiële broedplaatsen toenemen. Ook de rust voor de vogels zou toenemen, omdat er geen personeel meer op de eilanden aanwezig hoeft te zijn voor het uitvoeren van de onderhoudstaken.
Uiteindelijk is dit nieuwe beleid alleen gaan gelden voor Rottumerplaat. Voor Rottumeroog heeft de Stichting Vrienden van Rottumeroog en Rottumerplaat zich ingezet om het vanouds uitgevoerde beleid voort te zetten.
De Beheers Adviescommissie Kustverdediging Rottumeroog (BAKR) evalueert het huideige beheer over de eilanden, middels een vijfjaarlijks te verschijnen evaluatierapport. Tot dusverre was er voor de BAKR geen aanleiding wijzigingen aan te brengen in het huidige beheer. Wel zij opgemerkt dat het "niets doen" op Rottumerplaat geen vaststaand gegeven is. Mocht de commissie vinden dat er toch te veel afslag aan Rottumerplaat plaatsvindt, dan kan in principe het oude beheer weer worden opgepakt.